פעילות המתנדבים של מרכז מעשה דורשת ארגון, לוגיסטי מורכב ותיאום בין גורמים רבים; במרכז מעשה פועלים כ- 750 מתנדבים בכ-55 רשויות מקומיות. לכל אחד מהמתנדבים מותאמת תוכנית ייחודית לפעילות הכוללת 30-40 שעות התנדבות שבועיות בשעות הבוקר (בדר"כ במערכת החינוך בתוכנית ל"ב או תפנית) ובשעות אחר הצהריים (בתיאום עם התנועות המשלחות).

צוות מרכז מעשה בתיאום ובשיתוף פעולה עם התנועות המשלחות נותן מענה מקצועי יום יומי למתנדבים בשטח בנושאים שוטפים הנוגעים לפעילותם. למשל: נושא ההשמה והקשר היומיומי עם בתי הספר, התאום בין פעילות מרכז מעשה לתנועות המשלחות, ליווי גרעיני מתנדבים בשטח, קשר עם הרשות המקומית ועם גורמים רלוונטיים נוספים בישוב, פתרון בעיות בזמן אמת ועוד.

המבנה הארגוני של מרכז מעשה מאפשר ליווי שוטף ומתן מענה אישי לכל מתנדב. לכל 3-4 קבוצת גרעינים ישנו מלווה קבוצה מטעם מרכז מעשה. כל המלווים כפופים למנהלי התחומים (מנהלת אזור דרום, מנהלת אזור צפון ומנהל המגזר הערבי).